Najbardziej kontrowersyjną częścią biohackingu są eksperymenty biologiczne wykonywane poza kontrolą środowiska medycznego. Niektórzy biohackerzy podejmują próby:

modyfikacji genetycznych,
wszczepiania implantów,
samodzielnego podawania terapii eksperymentalnych,
ingerowania w układ nerwowy.

Takie działania niosą ogromne ryzyko:

infekcji,
trwałych uszkodzeń organizmu,
problemów neurologicznych,
nieprzewidywalnych reakcji immunologicznych.

Brak odpowiednich regulacji sprawia, że wiele takich działań odbywa się bez nadzoru specjalistów i bez pełnej wiedzy o konsekwencjach.